木箱制作好后，需要放在合適的倉庫采取一些方法進行存儲，避免出現發霉、損壞、蟲蛀等等狀況，不然會無法正常使用，造成了損失。
1、木箱入庫前應檢疫除害
(1)熱處理，確保木質材料的溫度大約56℃，時間達半小時。
(2)熏蒸，可直接利用溴甲烷來做熏蒸，溫度10℃，時間一刻鐘。
2、要預先檢查木箱內含有的水分是不是在標準范圍內，結構和質量是否滿足包裝要求，是否含細菌、害蟲等。不然不可裝進庫里。
3、庫房必須保證干燥、通風，以免受潮腐爛、細菌滋生。
4、木箱在裝貨后，為避免在運輸途中遇下雨天氣而受潮，應提前為木箱做好防雨工作，用塑料薄膜整體包裹。
木箱的保存工作沒做好，正式使用時會出現很多問題，貨物的質量和安全也會受到影響。